Peter Dubovský nastoupil v nejvyšší soutěži k 93 zápasům, v nichž vstřelil 59 gólů. V lize nastoupil poprvé v sezoně 1989/1990 za Slovan, v tomto klubu odehrál celkem čtyři sezony a za jiný klub již v lize nenastoupil. Peter Dubovský získal jeden ligový titul se Slovanem v sezoně 1991/1992.